Как пользоваться порталом

1. Оглавление Пользовательское Соглашение Создание проекта Добавление соавторов Организация данных...
2. Добавление соавторов
3. Организация данных
4. Описание Проекта
5. Метаданные
6. Загрузка данных и рендеринг изображений
8. Форматы файлов
9. Загрузка сжатых файлов пакетов
10. Частные и общедоступные данные
11. Безопасность ваших данных
12. Лицензирование ваших данных
13. Запрос и использование цифровых идентификаторов объектов
14. Удаленная визуализация
15. Модель данных

Оглавление

Пользовательское Соглашение

Создание проекта

Добавление соавторов

Организация данных

Описание Проекта

Метаданные

Загрузка и загрузка данных

Форматы файлов

Загрузка сжатых файлов пакетов

Частные и общедоступные данные

Безопасность ваших данных

Лицензирование ваших данных

Запрос и использование цифровых идентификаторов объектов

Удаленная визуализация

Модель данных

Создание проекта

(назад к оглавлению)

Чтобы предоставить данные пользователям DRP, необходимо зарегистрироваться на портале, выбрав имя пользователя и уникальный пароль. Во время регистрации мы собираем информацию, которая позволит в будущем связываться с другими службами, а также ускоряет выдачу DOI для проектов при публикации. Обязательные поля:

Идентификатор имени - это идентификатор профиля исследователя, такой как идентификатор ORCID, ReseachGate или имя пользователя LInkedIn.

Схема идентификатора - это название услуги для вышеуказанного идентификатора (например, ORCID).

URL схемы - это URL или ссылка на вышеуказанный сервис.

После входа в систему они получат доступ к интерфейсу « Мои проекты», через который они смогут создавать и управлять одним или несколькими проектами, каждый из которых может включать в себя простой или сложный набор данных и разных соавторов. С помощью этого интерфейса пользователи могут добавлять соавторов, вводить и редактировать метаданные и загружать свои данные.

Пожалуйста, напишите нам, если вы хотите загрузить данные размером более 1 ГБ. Мы рекомендуем пользователям разбивать большие наборы данных на куски по 1 ГБ перед загрузкой, чтобы пользователи, заинтересованные в повторном использовании данных, могли легко загружать / манипулировать на своих персональных компьютерах.

Рекомендуется, чтобы перед загрузкой данных в DRP пользователи думали о структуре своих исследований и использовали доступную файловую систему или облако (Dropbox или UT Box) для организации своих данных в соответствующих классах.

Примечание о владении данными и будущие цитаты опубликованных проектов. Лучше всего, если человек, который является автором данных (и будет первым автором в цитировании данных после публикации проекта), также является владельцем проекта в DRP. Владелец проекта может добавить соавторов (см. Ниже), которые могут редактировать проект и добавлять данные. Мы понимаем, что владельцы данных (скажем, главный исследователь в более крупной исследовательской группе) не всегда являются теми, кто загружает файл. Если это так, то владелец данных должен зарегистрироваться, создать проект под желаемым именем и добавить загрузчик данных (который также зарегистрировался) в качестве соавтора. Это займет всего несколько минут. После этого загрузчик данных может добавлять и упорядочивать данные. Когда вы довольны макетом данных проекта, вы можете запросить публикацию (DOI) одним нажатием кнопки. На этом этапе вы можете добавлять авторов (независимо от того, являются ли они зарегистрированными пользователями в DRP или нет) так, как вы хотите, чтобы они появлялись в будущих ссылках на данные.

Добавление соавторов

(назад к оглавлению)

Пока пользователи загружают и готовят наборы данных для публикации, им, возможно, потребуется помощь или обмен данными с другими членами команды. Соавторы могут быть добавлены в проекты, если они зарегистрированы в DRP. Для простоты доступа, коллаборации, принадлежащие каждому пользователю, видны на панели навигации справа от интерфейса Мои проекты .

Организация данных

(назад к оглавлению)

В DRP пользователи могут организовать свои данные в соответствии со структурой своего исследовательского проекта, чтобы различать: исходные данные и данные анализа, полученные в результате их экспериментов и / или моделирования (см. Рисунок). Таким образом, пользователи могут загружать полный набор данных, включая исходные данные и данные анализа, или только изображения, принадлежащие последующему анализу.

Данные в DRP организованы и опубликованы в качестве исследовательских проектов. Мы анализируем исходные данные и данные анализа, полученные в результате их экспериментов и / или моделирования. Мы также можем хранить информацию о физическом образце, к которому относятся отображаемые данные (см. Рисунок ниже).

Пользователи могут:

- вводить данные и метаданные в любом порядке в течение жизненного цикла их исследовательского процесса

- посмотреть, как продвигаются их проекты во время загрузки данных

- просматривать и создавать отношения между данными и метаданными, моделируя, таким образом, способ получения данных изображения в ходе экспериментов и / или моделирования

Описание Проекта

(назад к оглавлению)

Проект должен иметь достаточно информации, чтобы полностью связать изображение с физическим образцом и / или физическим экспериментом, который изображен. Точный баланс между информацией в описании и любой связанной публикацией (перечисленной в отдельной вкладке) зависит от автора.

1) Самый простой способ - предоставить основной короткий параграф и предоставить публикации дополнительную информацию. Между двумя источниками достаточно подробностей, чтобы описать изображение. Приведенными ниже примерами являются «сухие» изображения одного образца, которые они являются хорошими кандидатами для краткого описания:

2) Более полным способом является предоставление большей части информации об изображениях в описании (несмотря на существование публикации). Приведенными ниже примерами являются эксперименты, включающие несколько прогонов в различных условиях (впрыскиваемые жидкости), и они являются хорошими кандидатами для более длинного описания (поскольку легче «собрать» важную информацию, описывающую экспериментальную установку, не ища ее в публикации):

Метаданные

(назад к оглавлению)

Поскольку пользователи загружают данные, они должны будут описать это. Описание данных называется метаданными . Метаданные полезны в целях обнаружения и доступа к данным, чтобы понять, как они возникли и какие исследования они представляют, а также для обмена данными с другими людьми и системами, такими как автоматический сбор ссылок. На этом портале метаданные также используются для правильного перевода изображений. Таким образом, в момент загрузки пользователям будет предложено разместить соответствующую информацию, которая позволит правильно отображать изображения.

Поскольку в настоящее время нет стандарта, доступного для описания данных пористой визуализации, доктор Маса Проданович определил информационные элементы, необходимые для описания наборов данных и визуализации типов изображений, которые используются в домене. Для основного автора и описания данных мы используем DataCite схема метаданных, которая широко используется в научном сообществе для целей цитирования данных в сочетании с Идентификатор цифрового объекта (DOI). Мы приветствуем предложения по отсутствующей, но полезной информации, которая должна быть включена в каждый набор данных.

Чем лучше вы сможете описать свои данные, тем лучше будут представлены и использованы ваши исследования. DRP применяет минимальные метаданные, чтобы получить достойное описание набора данных. В процессе описания ваших данных вы будете получать предупреждения, если этот минимум не был достигнут. Дополнительные метаданные могут быть добавлены или отредактированы позже. Однако, как только проект станет общедоступным, вы не сможете редактировать метаданные, если не будете общаться и отправлять обновления куратору данных портала. Кроме того, вы можете добавлять заметки, файлы помощи или любую другую информацию, которую вы считаете полезной для пользователя, который хочет повторно использовать и ссылаться на ваши данные.

Загрузка данных и рендеринг изображений

(назад к оглавлению)

Для удобства и быстрой загрузки пользователи имеют три варианта загрузки данных: Dropbox, UTBox и функции перетаскивания. Если данные не в стандартном формате, пользователям будет предложено ввести обязательные поля метаданных, в которых будут отображаться изображения: размеры вокселей, количество фрагментов и порядок байтов. Когда пользователь загружает данные, пакет включает файл метаданных, который их описывает. Чтобы упростить просмотр и повторное использование изображений, мы внедрили сервисы, которые позволяют отображать необработанные изображения без необходимости загружать их и читать их на рабочем столе.

Объемные изображения. Изображения, загруженные в виде объемных необработанных двоичных файлов, будут загружены с помощью ImageJ на удаленной машине. Пользователи заполняют форму информацией, которая позволяет программному обеспечению правильно читать данные (не то, что необработанные двоичные файлы - это файлы без формата, в котором будет храниться такая информация, и, следовательно, она должна быть предоставлена ​​пользователем). Пользователи должны знать, что при выборе Порядка байтов их изображения могут быть в формате Big Endian или Little Endian, поэтому, если они неизвестны, они должны попробовать оба варианта, чтобы проверить правильный. (Для 8-битных данных порядок байтов может быть одним из вариантов). Пользователи всегда могут попробовать прочитать свои изображения в ImageJ локально перед загрузкой на портал, чтобы проверить все входные параметры или продолжить проверять различные параметры на портале.

Объемные изображения с небольшим диапазоном значений (скажем, 0,1 и 2) изначально не будут отображаться правильно (максимальное значение для 8-битных изображений составляет 255, поэтому небольшие значения будут отображаться черным). Например, вы можете получить что-то вроде этого:

Чтобы исправить проблему, в своем проекте перейдите к изображению, нажмите на вкладку Действия и выберите Изменить. Затем найдите параметр «Использовать двоичную коррекцию» в самом конце, выберите его и нажмите вкладку «Сохранить изменения»:

Задача будет поставлена ​​в очередь для повторного рендеринга визуализации GIF на портале и вскоре должна быть обновлена ​​на портале.

Разъяснение терминов:

Длина вокселя - это длина в физических единицах (в одном из направлений) наименьшей единицы изображения (числовая ячейка, воксель). Воксель относится к трехмерному объекту, а пиксель - к двум измерениям. Если вы не знаете длину вокселя или она не применима для синтетических изображений, введите ее как 1 и предоставьте комментарий, который не имеет физического значения.

Количество вокселей - это количество ячеек, составляющих изображение в каждом направлении, и, таким образом, это длина, нормализованная по длине вокселя.

Направления (x, y, z) обозначают как «ширина», «длина» и «количество изображений (в стопке)».

Форматы файлов

(назад к оглавлению)

В настоящее время портал определяет только типы файлов изображений. Мы работаем над выявлением всех распространенных типов файлов, используемых в исследованиях (ascii, netcdf, pdf, excel, xml и т. Д.).

Загрузка сжатых файлов пакетов

(назад к оглавлению)

В общем случае не рекомендуется сжимать файлы для загрузки, поскольку для таких данных предварительный просмотр (фильм в формате GIF из объемного стека) или анализ (например, гистограмма) не будут доступны. Мы предлагаем различные возможности быстрой загрузки и выгрузки через Dropbox и UTbox, чтобы пользователи могли легко и быстро передавать множество файлов. Пользователь может выбирать файлы для загрузки и выгрузки и оставлять систему для работы над ним, не опасаясь прерывания передачи данных. Ввод распакованных данных в портал позволяет описывать и отображать файлы изображений (в будущем - другие типы файлов), что позволяет другим пользователям просматривать файлы на портале для удобства просмотра и выбора для загрузки.

Частные и общедоступные данные

(назад к оглавлению)

На DRP пользователи могут хранить, систематизировать и описывать свои данные в частном порядке, пока они не будут готовы обмениваться ими публично. Это позволяет пользователям постепенно сохранять свои данные по мере продвижения исследований, а также редактировать метаданные или добавлять документацию в естественном темпе своего исследовательского проекта. DRP представляет собой безопасное хранилище для хранения данных во время исследований.

Опция «приват» полезна, чтобы не публиковать предметы в открытом доступе в течение периода эмбарго. Периоды эмбарго используются, когда первая публикация, связанная с набором данных, готовится или публикуется, когда данные проверяются и организуются, или когда автор подает патент, связанный с данными. Однако, поскольку DRP является открытым хранилищем, объекты не могут находиться в эмбарго в течение длительных периодов времени. Мы установили лимит в два года. После этого ограничения вы получите электронное письмо с предложением обнародовать данные или удалить свои элементы из хранилища или заплатить плату за хранение. Пользовательское Соглашение предоставляет дополнительную информацию о графике платежей.

После публикации данные не могут быть изменены, обновлены, увеличены или удалены. Если изменения абсолютно необходимы, пожалуйста, свяжитесь с куратором данных портала, чтобы запросить внесение изменений. Если пользователям необходимо опубликовать набор данных, полученный из существующего, он станет другим (связанным) набором данных со своим собственным DOI. Портал предлагает возможность раскладывать данные из проектов внутри, так что нет необходимости загружать и описывать их снова.

Безопасность ваших данных

(назад к оглавлению)

Данные на этом портале размещены в загон для скота высокопроизводительный ресурс хранения, который поддерживается на Техасский Центр Продвинутых Вычислений и поддерживается Инициатива по киберинфраструктуре системных исследований Техасского университета (UTRC). В Corral данные географически реплицируются, чтобы предотвратить любую потерю данных. Коррал отслеживается 24/7 и периодически обновляется.

Лицензирование ваших данных

(назад к оглавлению)

DRP является открытым хранилищем данных, и лицензирование ваших данных позволяет другим узнать, при каких условиях другие могут использовать вашу. Мы предлагаем возможность выбора Open Data Commons Лицензия на атрибуцию (ODC-By), который указывает пользователям, что они могут свободно обмениваться, изменять и использовать данные при условии, что они ссылаются на авторов и что они лицензируют производные на тех же условиях настоящей лицензии.

Если вы хотите использовать другую лицензию, пожалуйста, свяжитесь с куратором данных для портала Mary Pettengill по адресу [email protected].

Запрос и использование цифровых идентификаторов объектов

(назад к оглавлению)

DOI - это тип постоянного идентификатора, который будет управляться с течением времени, позволяя постоянно ссылаться на цифровой объект, так как идентификатор не изменится, даже если элемент перемещен или переименован. DOI полезны для связи данных с публикацией. На этом портале вы можете запросить DOI для набора данных или для отдельных объектов. Делая такой выбор, подумайте о том, что вы хотели бы, чтобы другие ссылались на публикацию (например, полный набор данных или отдельные объекты).

Если ваш проект включает в себя данные, которые были опубликованы в другом месте и или имеют существующий DOI, пользователи имеют возможность ссылаться на эти наборы данных, используя поле Внешний URL-адрес. DOI и / или ссылку можно ввести туда.

На данный момент процесс получения DOI осуществляется вручную через куратор данных портала. После того, как вы решите сделать ваши данные общедоступными, выбрав кнопку общедоступных данных, куратор данных свяжется с вами с DOI. Если у вас есть дополнительные сомнения по поводу процесса, вы можете отправить электронное письмо по адресу [email protected]

Удаленная визуализация

(назад к оглавлению)

Удаленная визуализация в кластере Stampede в Texas Advanced Computing Center теперь доступна для объемных изображений на портале: пожалуйста, нажмите на вкладку «Действия» и выберите «Просмотр в Paraview». Смотрите этот снимок экрана например:

Служба подключается к «общедоступной» (общей) учетной записи пользователя на Maverick, делает доступным для нее объемный файл и открывает программное обеспечение для визуализации. ParaView. Мы предполагаем, что пользователь знает основы Paraview.

Чтобы открыть необработанное двоичное изображение, вам понадобится информация о типе данных, порядке байтов и размере тома в каждом направлении (ширина, высота, количество срезов). Эта информация доступна под изображением с данными (см. Снимок экрана выше).

Краткие учебные пособия о том, как использовать удаленную визуализацию или как использовать Paraview с данными, загруженными с портала, см. В следующих разделах. YouTube канал ,

Любая работа (изображения, файлы), которую вы сохраняете из удаленного сеанса Paraview, будет отображаться на вкладке «Чистое пространство» в вашей учетной записи DRP.

Учетная запись (и время в кластере визуализации) является общей. Пожалуйста, помните об этом и сообщите нам, если у вас возникнут какие-либо проблемы.

(назад к оглавлению)

Модель данных

На следующем рисунке изображена наша модель данных. Это то, что может быть полезно при попытке связать портал Digital Rocks с другим порталом. Дайте нам знать, если мы можем предоставить больше информации.

(назад к оглавлению)

Похожие

Комментарии