RCSB PDB: домашняя страница
- Структурный взгляд на биологию Этот ресурс создан на основе архива Protein Data Bank - информации...
- Вопросы о вашем показании?
- Поиск по лигандам
- Поиск по наркотикам и лекарственным препаратам
- Поиск по неизданным и доступ к новым записям
- Обзор по аннотации
- Поиск PDB Статистика
- Средства просмотра 3D-структуры
- Pathway View
- PoseView
- Протеин особенность вид
- Human Gene View
- Выравнивание последовательности и структуры
- Белковая симметрия
- Гемоглобин
- стрептавидином
- Inovirus
- Качество структуры
- Карта геномного положения белка
- Пример SNP при гене рака молочной железы 1
- EPPIC Биологические Ассамблеи
- Скачать: координаты и экспериментальные данные
- Скачать: последовательности
- Скачать: лиганды
- FTP сервисы
- HTTP / HTTPS Services
- Веб-сервисы
- Молекулярные исследования через биологию и медицину
Структурный взгляд на биологию
Этот ресурс создан на основе архива Protein Data Bank - информации о трехмерных формах белков, нуклеиновых кислот и сложных сборок, которая помогает студентам и исследователям понять все аспекты биомедицины и сельского хозяйства, от синтеза белков до здоровья и болезней.
Как член wwPDB, RCSB PDB осуществляет курацию и аннотирование данных PDB.
RCSB PDB основывается на данных, создавая инструменты и ресурсы для исследований и образования в области молекулярной биологии, структурной биологии, вычислительной биологии и других областях.
Видео старшеклассников об устойчивости к антибиотикам
Молекула мая месяца
S-нитрозилированный гемоглобин
Инструменты подготовки к нанесению
Извлечение данных
- pdb_extract : Извлечение и сбор данных в формате PDBx / mmCIF из программ определения структуры
- SF-Tool : Конвертировать файлы структурных факторов в различные форматы
Маленькие Молекулы
- Лиганд Экспо : Поиск по словарю химических компонентов для идентификации высвобожденных лигандов
Преобразование формата данных
- PDBML2CIF : Преобразование данных в формате PDBML в формат PDBx / mmCIF
- PointSuite : Создать записи симметрии для макромолекулярных сборок с точечной и спиральной симметрией
- MAXIT : Перевод данных между форматами файлов и многое другое
Поместить данные трехмерной макромолекулярной структуры в PDB
Есть ли неатомарные координаты, многомасштабные структуры, полученные с помощью интегративных / гибридных (I / H) методов? Депозит в PDB-Dev которая представляет собой систему осаждения и архивирования прототипов для структурных моделей, полученных с помощью интегративных / гибридных (I / H) методов.
Вопросы о вашем показании?
Поиск по последовательностям
Выберите вариант A или B для поиска последовательностей белков и нуклеиновых кислот. & NBSP Читать учебник & NBSP | & NBSP Расширенный поиск последовательности
ПРИМЕЧАНИЕ Параметры: метод BLAST, срез E-значения: 10,0, сложность маскировки низкого уровня: вкл.
Поиск по лигандам
Поиск лигандов, связанных с макромолекулами в PDB:
- Идентификатор или Имя
- Ключ SMILES, InChI или InChI
- Химическая формула или молекулярный вес
- Химическая Подструктура или Сходство
Правое изображение: MarvinJS от ChemAxon для поиска лигандов Lipitor
Начать поиск лигандов
Поиск по наркотикам и лекарственным препаратам
Наркотики и целевые показатели в PDB были сопоставлены с DrugBank.
Поиск лекарств и лекарственных препаратов
Поиск по неизданным и доступ к новым записям
Архив PDB еженедельно обновляется в два этапа
Этап I: Каждую субботу к 3:00 UTC для каждой новой записи на веб-сайте wwPDB указывается последовательность (аминокислота или нуклеотид) для каждого & nbsp отличный полимер и, где это уместно, строки InChI для каждого & nbsp отчетливый лиганд и значение pH кристаллизации ,
Этап II: Каждую среду к 00:00 UTC все новые и измененные записи данных будут обновляться на каждом из FTP-сайтов wwPDB.
По состоянию на & nbsp есть 151955 структур.
Следующее обновление ввода данных в:
Обзор по аннотации
Записи PDB были аннотированы различными онтологиями и иерархическими схемами классификации.
Начать просмотр 
Поиск PDB Статистика
На странице Статистика PDB перечислены текущие авуары в PDB, а также различные статистические данные и гистограммы роста.
Просмотр страницы статистики PDB
Средства просмотра 3D-структуры
Просматривайте структуры PDB в 3D с помощью NGL со страницы «Сводка структуры» любой записи
Доступно руководство пользователя в режиме 3D-просмотра (NGL).
Pathway View
Изучите карты метаболических путей, которые идентифицируют компоненты пути со структурами PDB и моделями гомологии.
Доступ к картам можно получить из окна просмотра белков (см. Пример & nbsp P29401 ), а главное Pathway View стр. 
PoseView
Биотин, связанный со стрептавидином
PDB ID: 1STP
Изображения PoseView - это двухмерные диаграммы, которые показывают лиганд и взаимодействующие остатки.
Черные пунктирные линии указывают на водородные связи, солевые мостики и взаимодействия металлов. Зеленая сплошная линия показывает гидрофобные взаимодействия, а зеленые пунктирные линии показывают π-π и π-катионные взаимодействия.
Доступ к изображениям PoseView в разделе «Химический компонент лиганда» в «Сводке структуры записи».
Узнайте больше о & NBSP PoseView ,
Протеин особенность вид
Предоставляет графическую сводку полной последовательности белка из & nbsp UniProt и как это соответствует записям PDB. Он также загружает аннотации из внешних баз данных (таких как Pfam) и информацию о моделях гомологии из Protein Model Portal. Отображаются аннотации, визуализирующие предсказанные области нарушения белка и гидрофобные области.
Узнайте больше о & NBSP Протеин особенность вид ,
Примеры: & NBSP Рак молочной железы типа 1 белка , & NBSP Gag-Pol Polyprotein и & nbsp Гемоглобин Альфа (показано изображение).
Эта функция доступна в виджете «Молекулярное описание» на страницах «Сводная структура» и при вводе идентификатора UniProt ниже.
Human Gene View
Иллюстрирует соответствия между геномом человека и трехмерной структурой. Все человеческие гены были сопоставлены с репрезентативными белковыми цепями структуры PDB (выбранными из кластеров последовательностей с 40% идентичностью последовательности), чтобы показать, какие области гена доступны в координатах PDB.
Узнайте больше о & NBSP Джин Вью ,
Примеры: & NBSP Рак молочной железы 1 (раннее начало) и & NBSP Гемоглобин, Альфа 1 (показано изображение).
Эта функция доступна в виджете «Молекулярное описание» на страницах «Сводная структура» и при вводе & nbsp HGNC Генный символ человека ниже ( Примеры ).
Выравнивание последовательности и структуры
Инструмент сравнения RCSB PDB рассчитывает попарные последовательности (blast2seq, Needleman-Wunsch и Smith-Waterman) и выравнивания структуры (FATCAT, CE, TopMatch).
Сравнения могут быть сделаны для любого белка в архиве PDB и для & nbsp индивидуальные или локальные файлы & NBSP не в PDB. Особые функции включают поддержку как жестких, так и гибких выравниваний и обнаружение круговых перестановок.
Белковая симметрия
Режим отображения симметрии JSmol ( выберите кнопку «Симметрия» ) выделяет глобальную, локальную и спиральную симметрию среди субъединиц. Представление отображает оси симметрии, многогранник, который отражает симметрию, и цветовую схему, которая подчеркивает симметрию.
Гемоглобин
PDB ID: 4HHB
стрептавидином
PDB ID: 1STP
Inovirus
PDB ID: 1IFD
Качество структуры
Сводные страницы структуры обеспечивают доступ к информации о качестве структуры.
График ползунка сравнивает важные глобальные показатели качества для данной структуры с архивом PDB. Глобальные процентильные ранги (черные вертикальные прямоугольники) рассчитываются относительно всех рентгеновских структур, доступных до 2011 года. Специфичные для разрешения ранги процентилей (белые вертикальные прямоугольники) рассчитываются с учетом записей с аналогичным разрешением.
Это изображение из & nbsp wwPDB & nbsp Отчет о валидации & nbsp, который предоставляет более детальную оценку качества конструкции и выделяет конкретные проблемы. Эти отчеты были созданы с использованием рекомендаций целевых групп проверки wwPDB. Полный PDF-файл отчета о проверке wwPDB доступен для загрузки. PDF-файлы графиков Рамачандрана (созданных MolProbity) предоставляют независимый метод оценки конформационного качества белковых структур.
Например, просмотрите страницы Сводная структура для & nbsp 1CBS & nbsp (структура маленького белка и лиганда 1.8Å, запись с лучшим общим качеством по сравнению со всеми рентгеновскими структурами) и & nbsp 1FCC & nbsp (структура 3,2 Å с худшим общим качеством по сравнению со всеми рентгеновскими структурами).
Карта геномного положения белка
Мутации в гене могут оказывать глубокое влияние на функцию белка. Этот инструмент анализа выделяет местоположение генного местоположения (то есть сайт SNP).
Пример SNP при гене рака молочной железы 1
Трансверсия TGT в GGT в кодоне 64 из & nbsp Ген BRCA1 приводит к замене глицина на цистеин. Этот SNP находится & NBSP на хромосоме 17 в геномной координате: 43,106,478 , Новый инструмент картирования можно использовать для определения местоположения в последовательности UniProt и трехмерной структуре.
Доступ к инструменту картирования 
EPPIC Биологические Ассамблеи
EPPIC (эволюционный белок-белковый интерфейсный классификатор) предоставляет дополнительную информацию о биологических сборках в PDB. Этот веб-сервер классифицирует интерфейсы, присутствующие в белковых кристаллах, чтобы отличать биологические интерфейсы от кристаллических контактов. Версия 3 EPPIC перечисляет все возможные симметричные сборки с прогнозом наиболее вероятной сборки на основе вероятностных оценок из парного эволюционного скоринга.
Скачать: координаты и экспериментальные данные
Введите идентификаторы PDB, разделенные запятой или пробелом. Примечание. Инструмент загрузки запускается как отдельное приложение с использованием протокола Java Web Start. & Nbsp Дополнительная справка по загрузке & nbsp
Скачать: последовательности
Введите идентификаторы PDB, разделенные запятой или пробелом. & Nbsp Скачать справку & nbsp
Загрузите файл FASTA, содержащий & nbsp все & nbsp последовательности PDB: & nbsp несжатый | & NBSP сжат GZIP
Скачать: лиганды
Введите идентификаторы лиганда, разделенные запятой или пробелом. & Nbsp Скачать справку & nbsp
FTP сервисы
Поиски и отчеты, выполненные на этом сайте RCSB PDB, используют данные из архива PDB. Архив PDB поддерживается & nbsp wwPDB на & NBSP ftp.wwpdb.org ( данные загрузки данных ).
Основные каталоги
- Каталог & NBSP Паб / PDB & nbspis каталог входа для сайта ftp.
- Каталог & NBSP Паб / PDB / данных / структуры / разделены Содержит текущее содержимое PDB, включая файлы координат в формате PDB, mmCIF и PDBML / XML, структурные факторы и ограничения ЯМР.
Ежегодные снимки архива PDB - & nbsp имеется в наличии . & NBSP
Архив версий FTP доступен по адресу & nbsp ftp://ftp-versioned.wwpdb.org & NBSP ( Посмотреть объявление ). & NBSP
Подробнее о сервисах FTPHTTP / HTTPS Services
Файлы структуры PDB, файлы химических компонентов и некоторые другие файлы доступны для загрузки через http / https. Эти URL полезны при загрузке по сценарию с использованием таких утилит, как & nbsp Wget ,
Загружаемые файлы
- Файлы структуры PDB
- Файлы лигандов
- Файлы вторичной структуры
- Файлы SIFTS
Веб-сервисы
Программный доступ к отдельным структурам и / или конкретным элементам данных обеспечивается через программные интерфейсы приложений веб-служб (API).
Разрабатываются новые API веб-сервисов; & nbsp пользователи должны зарегистрироваться в электронном списке RCSB PDB API для объявлений ,
Связаться с RCSB PDB С вопросами предложения по конкретным услугам.
Больше
Молекулярные исследования
через биологию и медицину
PDB-101 это онлайн-портал для преподавателей, студентов и широкой общественности, чтобы способствовать исследованию в мире белков и нуклеиновых кислот.
Просмотреть все ресурсы PDB-101 по биологической теме или начать изучать:
Похожие
Как проверить качество интернет-соединения?... имеем дело с техническим дефектом интернет-соединения, который, обнаруженный и описанный, позволит поставщику соответствующим образом реагировать. Речь идет не о полном отсутствии интернет-соединения, а о том, что сервис не работает с параметрами, гарантированными провайдером. Качество связи - это не только измерение скорости, но также оценка количества потерянных пакетов, длительности задержек и изменчивости задержек. Измерение скорости может быть выполнено с помощью веб-сайтов, таких как Обзор Sony Xperia Tablet Z
... views/pc-mac/tablets/sony-xperia-tablet-s-1093685/review"> Xperia Tablet S , Последний набег Sony, был приличным, но скучным усилием. Но, как и с другими, он не смог выделиться в мире, полном претендентов. Настало время для Sony Xperia Tablet Z улучшить это. Первое, что мы заметили, когда вынули Sony Xperia Tablet Z из коробки, было Фотоэлектрические панели - цена или качество?
Можно ли найти правильную цену на высококачественные солнечные модули? Должны ли китайские производители предлагать качественные солнечные модули? Благодаря BNEF PV MODULE MAKER TIER 1 LIST, Q1 2017, мы сможем ответить на этот вопрос. Bloomberg New Energy Finance разработала многоуровневую систему для производителей фотоэлектрических модулей на основе отчетов о привлекательности, созданных на основе прозрачных критериев, используемых Мото X обзор
... пока не получится Android 7.0 Nougat , это и имеет гораздо более дешевую цену, если вы можете найти его. Наш обзор отражает все эти изменения. Оригинальный обзор Название Moto X не изменилось в 2014 году, но будьте уверены, этот обновленный Android-смартфон обладает достаточным количеством новых характеристик, чтобы заслужить свое собственное Кредит, кредитная карта и, возможно, лимит счета?
Большинство из нас, если нам нужны дополнительные деньги, обычно обращаются в банк за кредитом. Оказывается, это не единственный финансовый продукт, доступный в банке, через который мы можем занимать дополнительные деньги. У нас есть традиционный кредит наличными, а также кредитная карта или лимит счета. Какое предложение будет наиболее подходящим для нас? Это зависит главным образом от цели нашего финансирования Изменение условий трудового договора
... ить с ним контракт, прежде чем позволить работнику работать , в котором он определяет, среди прочего, вознаграждение, должность, объем обязанностей. А что если работодатель захочет изменить условия договора? Какие изменения в условиях трудового договора и чем это может закончиться? Международные перевозки исключены из положения о размещении работников
Хорошие новости из Европейского парламента для польских транспортных компаний, хотя это еще не конец битвы. Депутаты Европарламента из транспортного комитета - благодаря усилиям членов Парламента юстиции и правосудия - поддержали исключение международных перевозок из положений, касающихся размещения работников. В конечном итоге, участники переговоров ЕП и правительств ЕС примут решение о форме нормативных актов в этом вопросе. Что ваши сильные стороны говорят о вашем ребенке?
Со всей ответственностью вы можете испытать соблазн сказать, что каждый из нас уникален и по-своему уникален. У нас есть определенные черты характера, которые в зависимости от их интенсивности определяют наше поведение и то, как мы реагируем в различных повседневных ситуациях. Этот принцип также применим к детям. Создание сервисов и систем хранения на основе частного облака
... потребности вашего бизнеса. Вы также можете оптимизировать совместное использование приложений, автоматизировать ИТ-поддержку и повысить производительность. Облачные возможности позволяют вам обеспечить правильный уровень обслуживания для каждого приложения и пользователя. Превратите свою ИТ-инфраструктуру в быструю и гибкую среду Календарные дни или рабочие дни, или как ...
Автор: Анна Стемпневская Дата: 4 сентября 2018 г. Гражданский кодекс определяет порядок исчисления сроков. Уставный принцип имеет большое значение с точки зрения деятельности предпринимателя. Это будет применяться, например, к осуществлению покупателями прав в соответствии с Законом о правах потребителей Обзор беспроводных наушников KOSS Porta PRO
... и наушники называют легендарными, и это прилагательное действительно по причине. Порты PRO появились на рынке в 1984 году, и до сих пор эти наушники все еще производятся, выпуская несколько редких ограниченных выпусков. 34 года производства. Лишь некоторые конструкции могут похвастаться таким упорством, но также и спросом, потому что он неизменно высок по сей день, несмотря на прошедшие годы, растущую конкуренцию и повсеместный поток китайской экономической и технической мысли. KOSS остается
Комментарии
Что такое карта разума или карта разума?Что такое карта разума или карта разума? Преимущества и преимущества использования интеллектуального картирования Методы и руководящие принципы проектирования для отображения разума Изучите метод и рекомендации Основные угрозы картированию разума Использование Mind Mapping Что такое карта разума или карта разума? Карта разума - это графическое Итак, давайте теперь спросим, как этот сдвиг повлияет на значение коэффициента Cp?
Итак, давайте теперь спросим, как этот сдвиг повлияет на значение коэффициента Cp? Чтобы получить ответ, мы должны снова взглянуть на шаблон. Его метр не изменится, потому что пределы спецификации не изменились. Единственным переменным элементом знаменателя является сигма, которая отражает распространение. Но если мы предположим, что форма анализируемой кривой не изменяется (мы перемещаем ее только вправо), мы должны согласиться с тем, что рассеяние этого изменения не изменилось, поэтому сигма Как проверить, существует ли этот тип неисправности?
Как проверить, существует ли этот тип неисправности? Самый простой способ - использовать команду ping для этой цели. В случае Windows XP (аналогично в других операционных системах) мы вызываем командную строку (Пуск -> Выполнить -> cmd). Затем мы выполняем команду ipconfig / all, чтобы получить информацию об IP-адресации, назначенной нашему компьютеру. Что нас интересует, это обычно шлюз по умолчанию. Шлюз по умолчанию - это первый маршрутизатор (аналог первого пересечения) на пути наших Какие функции камеры определяют этот предел?
Какие функции камеры определяют этот предел? И если у нас есть правильные навыки, мы можем переместить это? Мы ответим на эти вопросы, используя примеры фотографий, снятых с помощью зеркальной камеры Sony α550. Несколько выбранных условий съемки позволят вам понять, как фотографировать в сложных условиях освещения. - - - - - - - - - - - - - - - - - - РЕКЛАМА - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - Как работает этот механизм?
Как работает этот механизм? Совет по денежно-кредитной политике снижает процентные ставки, межбанковский рынок реагирует - 3M WIBOR уменьшается, но рынок облигаций также реагирует. 10-летние польские облигации упали в доходности до 2,74%, тогда как несколькими неделями ранее этот уровень составлял даже 3,50%. Если вы никогда не были поклонником инвестиций в облигации, потому что Вы ищете возможности на рынке недвижимости Помните, И если так: может ли каждый день следовать за тем, у кого день именина в этот день, и давать этому человеку пожелания в виде простого, благодарного рисунка?
И если так: может ли каждый день следовать за тем, у кого день именина в этот день, и давать этому человеку пожелания в виде простого, благодарного рисунка? Это может быть ваш друг , член семьи , клиент или коллега . Я гарантирую вам, что даже если у вас нет (или не волнует) именины, это будет очень приятно для этого человека! А если вы не знаете Россислава, Вальдемара, Герменегильды, Марсели, Леи или Мерседеса, то вы можете написать Этот продукт для меня?
Этот продукт для меня? Если шаткое начальное знание мешает вам получить результаты, которых вы заслуживаете, серия «Шахматные DVD» от «Foxy Openings» - это то, что вам нужно, чтобы подготовиться к открытию до уровня GM . Когда вам нужно подготовиться к определенному противнику, просто выберите соответствующий объем, и через 1-2 часа вы узнаете, как открыть его наизнанку. Вооружившись подготовкой ГМ, вы можете использовать свое время и энергию, Откуда этот интерес?
Откуда этот интерес? Пароль программы - фраза, произнесенная ребенком: «Помоги мне сделать это самому» . Независимость (на каждом этапе развития) является главной целью, которую мы стремимся поддержать ребенку в процессе взросления. Это означает возможность принимать решения, принимать решения, принимать решения и принимать решения и нести их последствия. На этапе обучения это будет выбор материала, с которым я хочу работать (потому что в Монтессори мы работаем с материалами, 00. Что приготовили организаторы на этот раз?
00. Что приготовили организаторы на этот раз? Почти 200 экспонентов - тысячи идей Всех гостей ждет чрезвычайно широкий ассортимент товаров из свадебной и свадебной индустрии. Что этот человек видит и слышит?
Что этот человек видит и слышит? Каковы проблемы и цели? (Инновации требуются, но они всегда терпят неудачу, или существует желание работать не по найму). Кроме того, интересны демографические и социальные обстоятельства (доход, социальные обязательства, гибкость). Это позволяет получить реальное понимание своих потенциальных клиентов. Чтобы проверить эту персону, вы должны поговорить с как можно большим количеством людей. 2-й шаг профиль клиента Следующим шагом Что означает этот подход?
Что означает этот подход? Идеальной ситуацией для каждого президента является ситуация, когда завод работает «на полной скорости» круглый год. В этом случае для нашей формулы для OEE вместо общего времени мы указываем, например, полное количество дней недели, независимо от количества фактически отработанных изменений / рабочих часов. Например, в течение недели мы работали пять дней после двух производственных изменений, что дает 4800 минут общего времени. С точки зрения платы это будет выглядеть
Вопросы о вашем показании?
Вопросы о вашем показании?
Можно ли найти правильную цену на высококачественные солнечные модули?
Должны ли китайские производители предлагать качественные солнечные модули?
Какое предложение будет наиболее подходящим для нас?
А что если работодатель захочет изменить условия договора?
Какие изменения в условиях трудового договора и чем это может закончиться?
Что ваши сильные стороны говорят о вашем ребенке?
Что такое карта разума или карта разума?
Итак, давайте теперь спросим, как этот сдвиг повлияет на значение коэффициента Cp?